Joe ist in zweiter Ehe mit Sarah Walker Whedon verheiratet. Die Ehe der beiden ist schwierig: Joe bringt einen widerspenstigen Sohn aus erster Ehe mit, zudem unterstellt er seiner Frau eine Affäre.
John Pyper-Ferguson spielte die Rolle von Joe Whedon in der US-Serie Brothers & Sisters von 2006 bis 2008. Synchronsprecher von John Pyper-Ferguson bei der Serie Brothers & Sisters war Thomas Nero Wolff.